Το μεγαλύτερο λιμάνι του Μεγανησίου βρίσκεται στη βόρεια ακτή, σε έναν βαθύ κόλπο. Τα σκάφη εκεί προστατεύονται από σχεδόν όλους τους ανέμους.

Τα Σπήλια είναι το δεύτερο μεγαλύτερο λιμάνι στο Μεγανήσι. Βρίσκεται στο βορειοδυτικό άκρο του νησιού.

Ορμος στην βόρεια πλευρά , δημοφιλές αγκυροβόλι, παρέχει καλή προστασία από τους  βορειοδυτικούς ανέμους.

Η Odyseas Marina είναι η κορυφαία μαρίνα για σκάφη αναψυχής στο Ιόνιο Πέλαγος